Diagnóstico Molecular na era da sequenciação de 3ª geração e da PCR digital

Projeto de Pós-Graduação/Dissertação apresentado à Universidade Fernando Pessoa como parte dos requisitos para obtenção do grau de Mestre em Ciências Farmacêuticas

Saccharomycotin transcriptomics by next-generation sequencing

The non-standard decoding of the CUG codon in Candida cylindracea raises a number of questions about the evolutionary process of this organism and other species Candida clade for which the codon is ambiguous. In order to find some answers we studied the transcriptome of C. cylindracea, comparing its behavior with that of Saccharomyces cerevisiae (standard decoder) and Candida albicans (ambiguous decoder). The transcriptome characterization was performed using RNA-seq. This approach has several advantages over microarrays and its application is booming. TopHat and Cufflinks were the software used to build the protocol that allowed for gene quantification. About 95% of the reads were mapped on the genome. 3693 genes were analyzed, of which 1338 had a non-standard start codon (TTG/CTG) and the percentage of expressed genes was 99.4%. Most genes have intermediate levels of expression, some have little or no expression and a minority is highly expressed. The distribution profile of the CUG between the three species is different, but it can be significantly associated to gene expression levels: genes with fewer CUGs are the most highly expressed. However, CUG content is not related to the conservation level: more and less conserved genes have, on average, an equal number of CUGs. The most conserved genes are the most expressed. The lipase genes corroborate the results obtained for most genes of C. cylindracea since they are very rich in CUGs and nothing conserved. The reduced amount of CUG codons that was observed in highly expressed genes may be due, possibly, to an insufficient number of tRNA genes to cope with more CUGs without compromising translational efficiency. From the enrichment analysis, it was confirmed that the most conserved genes are associated with basic functions such as translation, pathogenesis and metabolism. From this set, genes with more or less CUGs seem to have different functions. The key issues on the evolutionary phenomenon remain unclear. However, the results are consistent with previous observations and shows a variety of conclusions that in future analyzes should be taken into consideration, since it was the first time that such a study was conducted.

Conforto e fonação com a nova geração de bráquetes ortodônticos linguais individualizados

TEMA: recentemente o número de pacientes desejando um tratamento ortodôntico e estético ao mesmo tempo aumentou consideravelmente. A técnica lingual oferece a opção mais estética de tratamento ortodôntico, pois os bráquetes ficam invisíveis colados na superfície lingual dos dentes e os lábios não ficam protuberantes. Apesar da grande vantagem estética, essa terapia possui desvantagens como restrição no conforto oral, na fala, na higiene, irritações na língua, restrição no espaço da língua e dificuldades na alimentação. Para amenizar essas desvantagens uma nova geração de bráquetes linguais otimizados ao máximo através da individualização das bases dos bráquetes, da posição de colagem e dos fios utilizados no tratamento ortodôntico foi desenvolvida recentemente. OBJETIVO: realizar uma revisão sistemática da literatura para verificar a adaptação do paciente a diferentes dispositivos ortodônticos linguais e a influência desses dispositivos no conforto e na fala, principalmente. CONCLUSÃO: atualmente a literatura suporta que os bráquetes linguais de última geração individualizados por computador proporcionam maior conforto e facilidade na fonação quando comparados aos bráquetes tradicionais da técnica lingual. No entanto, o sucesso na terapia requer orientações detalhadas sobre o potencial de restrição do conforto oral, articulação de palavras, mastigação e higiene oral, independente do sistema de bráquetes a ser utilizado.

Caracterização de juntas soldadas por TIG autógeno manual com arco pulsado e arco não pulsado do aço inoxidável hiperduplex SAF 2707 HD.

O aço inoxidável hiperduplex, SAF 2707 HD, foi desenvolvido com o intuito de se obter novas ligas com maior resistência à corrosão do que a disponível nos aços inoxidáveis duplex / superduplex. Além da melhorada resistência à corrosão, este tb oferece propriedades mecânicas superiores. Os aços hiperduplex são aços de última geração que possuem elevados teores de elementos de liga, principalmente cromo, molibdênio e nitrogênio. Este tipo de aço caracteriza-se por apresentar estrutura bifásica, constituída de proporções praticamente iguais de ferrita e austenita devido à distribuição controlada dos elementos alfagênicos e gamagênicos. O interesse por esses aços cresce gradativamente com a necessidade de novos materiais para diversas aplicações na indústria petrolífera. Porém, quando expostos e mantidos a temperaturas elevadas, na faixa entre 600C e 1000C, algumas fases intermetálicas podem se formar, em que a fase sigma () é a mais proeminente. Possui uma estrutura cristalina tetragonal complexa rica em Cr e Mo, tendo efeito deletério no material afetando tanto a resistência à corrosão, quanto as propriedades mecânicas. Para este fim, faz-se necessário estudos da junta soldada para delinear as limitações desses aços e aperfeiçoar a aplicação. Essa pesquisa teve como objetivo caracterizar a junta soldada por TIG autógeno manual com arco pulsado e não pulsado do aço inoxidável hiperduplex SAF 2707 HD. As técnicas empregadas foram a metalografia por ataque eletrolítico (reagente NaOH) e color etching (reagente Behara), medidas de microdureza e quantificação microestrutural por Processamento Digital de Imagem. Os aspectos microestruturais foram observados por microscopia óptica (MO) e microscopia eletrônica de varredura (MEV), estes passaram por etapas de processamento digital de imagens (PDI) para quantificar a fração volumétrica da fase austenita. Realizou-se análise química semi-quatitativa por EDS. Os resultados foram analisados estatisticamente através do teste de hipóteses com distribuição t de Student. Pela técnica color etching observou-se que a fase austenita foi gerada com distribuição mais homogênea para o arco pulsado, que o não pulsado. O ataque eletrolítico não revelou uma terceira fase (fase ) na junta soldada, a análise química por EDS não identificou uma variação significativa nos elementos presentes ao longo da zona de transição do metal de base para a zona de fusão. Através do PDI foram obtidos os valores médios da fração volumétrica de austenita de 36,38% (desvio padrão 6,40%) e 32,41% (desvio padrão 6,67%) para os dois métodos, pulsado e não pulsado, respectivamente. Foram obtidos os valores de microdureza para o metal de base 355,10 HV (desvio padrão 28,60) e para a zona de fusão 343,60 HV (desvio padrão 20,51) da amostra soldada pelo modo pulsado, para o modo não pulsado foram apresentaram os valores médios de 370,30 HV (desvio padrão 34,51) para o metal de base e de 345,20 HV (desvio padrão 41,33) para a zona de fusão. A análise estatística indicou que não houve variação significativa da fração volumétrica da fase austenita no cordão de solda para as duas condições testadas e não houve variação da microdureza entre a zona de fusão e o metal de solda das amostras submetidas aos dois processos.

An integrated and comparative approach to genetic selection of the aquaculture species Dicentrarchus labrax

The European sea bass, Dicentrarchus labrax, is one of the most important marine species cultivated in Southern Europe and has not benefited from selective breeding. One of the major goals in the sea bass (D. labrax) aquaculture industry is to understand and control the complexity of growth associated traits. The aim of the methodology developed for the studies reported in the thesis was not only to establish genetic and genomic resources for sea bass, but to also develop a conceptual strategy to efficiently create knowledge in a research environment that can easily be transferred to the aquaculture industry. The strategy involved; i) establishing an annotated sea bass transcriptome and then using it to, ii) identify new genetic markers for target QTL regions so that, iii) new QTL analysis could be performed and marker based resolution of the DNA regions of interest increased, and then iv) to merge the linkage map and the physical map in order to map the QTL confidence intervals to the sea bass genome and identify genes underlying the targeted traits. Finally to test if genes in the QTL regions that are candidates for divergent growth phenotypes have modified patterns of transcription that reflects the modified whole organism physiology SuperSAGE-SOLiD4 gene expression was used with sea bass with high growth heterogeneity. The SuperSAGE contributed to significantly increase the transcriptome information for sea bass muscle, brain and liver and also led to the identification of putative candidate genes lying in the genomic region of growth related QTL. Lastly all differentially expressed transcripts in brain, liver and muscle of the European sea bass with divergent specific growth rates were mapped to gene pathways and networks and the regulatory pathways most affected identified and established the tissue specific changes underlying the divergent SGR. Owing to the importance of European sea bass to Mediterranean aquaculture and the developed genomics resources from the present thesis and from other studies it should be possible to implement genetic selection programs using marker assisted selection.

A tecnologia na sala de aula: entre o fascínio e a rejeição

A Internet em sala de aula vem se apresentando como um desafio a mais para ser vencido pelo educador dos dias atuais. “Rejeitar” ou “Fascinar-se com o uso” são as duas opções que se nos apresentam neste momento de mudanças nos paradigmas educacionais. Nesta pesquisa que envolveu uma amostra das escolas estaduais de Campina Grande, refletimos acerca do cenário das tecnologias utilizadas na educação. A proposta foi averiguar o que leva ao não uso das mesmas, pela maior parte dos professores, apesar de as escolas encontrarem-se supostamente equipadas com laboratórios de última geração, segundo descrevem os programas de informatização, implantados pelos governos municipal, estadual e federal, nos últimos anos. Descobrimos que existem estimativamente 0,08% dos docentes que utilizam as ferramentas da informática e dentre esse percentual há os que se destacam pela criatividade e ganham prêmios de incentivo educacional com seus trabalhos. Retratamos, através das falas dos participantes entrevistados, a realidade do cotidiano escolar dos professores, que em muitos casos difere totalmente daquela propagada nas mídias de comunicação em massa. Os autores que inspiraram esta dissertação foram Levy (1993, 1996, 1999, 2000, 2004), Castells (2003), Canário (2006), Correia (1989), Perrenoud (1999, 2000, 2001a, 2001b), Moran (1987, 1997, 2000, 2001, 2003, 2007), Nóvoa (1992a, 2002), entre outros pensadores que se interessam pela tecnologia educacional.

A comercialização de energia no novo setor elétrico brasileiro

O mundo passa por profundas mudanças no que se refere ao papel do Estado. As economias apresentam um crescente aumento da participação privada em setores originalmente estatais com a abertura comercial e a desregulamentação de algumas atividades econômicas contribuindo para a diminuição da participação do Estado como empresário. Neste novo ambiente econômico, as políticas públicas de estímulo à concorrência passam a ter um papel fundamental, garantindo que o mercado possa alocar eficientemente os recursos dentro da economia. É neste contexto que os debates em torno da reorganização da indústria de energia elétrica ganharam forte impulso, com diversos países passando por processos de reforma na estrutura de suas respectivas indústrias, bem como as instituições e regulamentos que controlam o funcionamento das mesmas. A reestruturação do setor elétrico brasileiro objetiva, em tese, promover a competição em alguns mercados, transformando alguns segmentos de regime monopolista em competitivo. Isto vem acarretando a formação de um novo paradigma, influenciado pela mudança da gestão das empresas, de pública para privada, e pela inserção da regulamentação que vise a promover a eficiência das companhias naqueles segmentos onde o mercado é cativo. Assim, este trabalho propõe-se a contribuir com o debate acerca da reforma da indústria de energia elétrica (IEE) do Brasil, discutindo, entre outros pontos, a introdução da comercialização e o conflito existente entre reestruturação industrial e seu processo regulatório. Procurou-se identificar as possíveis fontes de ineficiência, decorrentes da proposta da consultoria britânica Coopers & Lybrand, do novo modelo para o setor elétrico brasileiro. Analisaram-se as teorias de Mercados Contestáveis, de Custos de Transação e de Estrutura-Conduta- Desempenho, procurando a que melhor interpreta e/ou avalia os possíveis efeitos, vantagens e desvantagens da proposta de mudança estrutural e regulamentar da IEE do Brasil. Neste contexto, o trabalho conclui que a Economia dos Custos de Transação é a mais adequada para essa finalidade, pois apresenta condições que permitem avaliar o problema tanto sob a ótica da adequabilidade da nova estrutura de governança quanto do ponto de vista das relações comerciais, o que é de fundamental importância para o entendimento do processo, não sendo possível atender, em sua totalidade, aos questionamentos inerentes à situação com base nas teorias de Mercados Contestáveis e Estrutura-Conduta-Desempenho. O trabalho inclui, também, uma análise sobre a comercialização da energia elétrica, sujeita às incertezas do setor, que combina as teorias matemáticas e econômicas de última geração para obter uma representação realista do sistema e oferecer ao agente de decisão um auxílio preciso e confiável.

Toxicidade genética das antraciclinas : associação entre estrutura química e ação inibitória sobre a topoisomerase II

Considerando não apenas a importância das antraciclinas na terapêutica do câncer, mas também os efeitos colaterais associados ao uso destas drogas, o presente estudo procurou avaliar a atividade genotóxica de seis antraciclinas em uso clínico - doxorrubicina (DOX), daunorrubicina (DNR), epirrubicina (EPI), idarrubicina (IDA), além dos análogos de última geração, pirarrubicina (THP) e aclarrubicina (ACLA). Para tanto, foi empregado o Teste de Mutação e Recombinação Somática (SMART) em Drosophila melanogaster, que permite a detecção simultânea de mutação gênica e cromossômica, assim como de eventos relacionados com recombinação mitótica - possibilitando quantificar a contribuição deste último parâmetro genético para a genotoxicidade total induzida pelas drogas em estudo. Os dados obtidos a partir desta análise demonstraram que todas as antraciclinas estudadas induziram acréscimos significativos, relacionados tanto à mutação, quanto à recombinação nas células somáticas deste inseto. Além disso, a recombinação mitótica - entre cromossomos homólogos - foi o evento responsável por, aproximadamente, 62 a 100% da toxicidade genética observada. A comparação do potencial genotóxico dos diferentes análogos, através da padronização do número de danos genéticos por unidade de tratamento (mM), caracterizou a ACLA e o THP como as drogas mais potentes – sendo cerca de 20 vezes mais efetivas, como genotoxinas, do que a DOX, o análogo menos potente. Já que a principal ação genotóxica desta família de compostos está relacionada à inibição da topoisomerase II (topo II) – uma enzima que atua no relaxamento da supertorção da dupla hélice de DNA, através da quebra e posterior religação de suas fitas - as diferenças observadas podem ser atribuídas ao mecanismo envolvido neste bloqueio Enquanto os análogos DOX, DNR, EPI, IDA e THP atuam como venenos de topo II - tornando permanentes as quebras induzidas pela enzima - a ACLA inibe a função catalítica desta enzima, impedindo a sua ligação ao DNA. Cabe ainda ressaltar que a genotoxicidade da ACLA não está restrita à sua atividade catalítica sobre a topo II, mas também à sua ação como veneno de topo I e à sua habilidade de intercalar-se na molécula de DNA. Quando a potência genotóxica destas drogas foi associada a suas estruturas químicas, observou-se que substituições no grupamento amino-açúcar levaram a uma maior atividade tóxico-genética, quando comparadas a modificações no cromóforo. Cabe ainda ressaltar que as modificações estruturais, presentes nos análogos DOX, DNR, EPI, IDA e THP, não alteraram a sua ação recombinogênica. No entanto, no que se refere a ACLA, observaram-se decréscimos significativos na indução de recombinação mitótica - que podem ser atribuídas às múltiplas substituições presentes tanto no grupamento amino-açúcar quanto no cromóforo. O conjunto destas observações evidencia que a genotoxicidade total das drogas em estudo está centrada na indução de recombinação homóloga - um evento predominantemente envolvido tanto na iniciação, quanto na progressão do câncer. A alta incidência de tumores secundários, em pacientes submetidos ao tratamento com as antraciclinas, pode, pois, ser atribuída à ação preferencial destas drogas sobre a recombinação mitótica – embora a atividade mutagênica não possa ser desconsiderada.

Utilização de inteligência artificial (redes neurais artificiais) no gerenciamento de reprodutoras pesadas.

Uma atividade com a magnitude da avicultura, que usa equipamentos de última geração e serviços atualizados, é levada, na maioria dos casos, a tomar decisões que envolvem todos aspectos de produção, apoiada em critérios subjetivos. A presente tese objetivou estudar a utilização das redes neurais artificiais na estimação dos parâmetros de desempenho de matrizes pesadas, pertencentes a uma integração avícola sul-brasileira. Foram utilizados os registros de 11 lotes em recria, do período compreendido entre 09/11/97 a 10/01/99 e de 21 lotes em produção, do período compreendido entre 26/04/98 a 19/12/99, para a análise por redes neurais artificiais. Os dados utilizados corresponderam a 273 linhas de registros semanais, do período de recria e 689 linhas de registros semanais, do período de produção. Os modelos de redes neurais foram comparados e selecionados como melhores, baseados no coeficiente de determinação múltipla (R2), Quadrado Médio do Erro (QME), bem como pela análise de gráficos, plotando a predição da rede versus a predição menos o real (resíduo). Com esta tese foi possível explicar os parâmetros de desempenho de matrizes pesadas, através da utilização de redes neurais artificiais. A técnica permite a tomada de decisões por parte do corpo técnico, baseadas em critérios objetivos obtidos cientificamente. Além disso, este método permite simulações das conseqüências de tais decisões e fornece a percentagem de contribuição de cada variável no fenômeno em estudo.

Ferramenta computacional para a medição de campos de velocidade utilizando processamento digital de imagens

A proposta deste trabalho, consiste na elaboração de uma ferramenta computacional para a medição de campos de velocidades em escoamentos com baixas velocidades (< 0,5 m/s) utilizando o processamento digital de imagens. Ao longo dos anos, inúmeras técnicas foram desenvolvidas com este objetivo. Para cada tipo de aplicação, uma técnica se aplica com maior ou menor eficiência do que outras. Para o caso de estudos em fluídos transparentes, onde o escoamento pode ser visualizado, técnicas que utilizam processamento digital de imagens vêm ganhando um grande impulso tecnológico nos últimos anos. Este impulso, é devido a fatores como: câmaras vídeo filmadoras de última geração, dispositivos de aquisição de imagens e componentes de processamento e armazenamento de dados cada vez mais poderosos. Neste contexto, está a velocimetria por processamento de imagens de partículas cuja sigla é PIV (particle image velocimetry). Existem várias formas de se implementar um sistema do tipo PIV. As variantes dependem, basicamente, do equipamento utilizado. Para sua implementação é necessário, inicialmente, um sistema de iluminação que incide em partículas traçadoras adicionadas ao fluido em estudo. Após, as partículas em movimento são filmadas ou fotografadas e suas imagens adquiridas por um computador através de dispositivos de captura de imagens. As imagens das partículas são então processadas, para a obtenção dos vetores velocidade. Existem diferentes formas de processamento para a obtenção das velocidades. Para o trabalho em questão, devido às características dos equipamentos disponíveis, optou-se por uma metodologia de determinação da trajetória de partículas individuais, que, apesar de limitada em termos de módulo de velocidade, pode ser aplicada a muitos escoamentos reais sob condições controladas Para validar a ferramenta computacional desenvolvida, imagens ideais de partículas foram simuladas como se estivessem em escoamento, através do deslocamento conhecido de vários pixels. Seguindo o objetivo de validação, foi utilizada ainda uma imagem real de partículas, obtida com o auxílio de um plano de iluminação de luz coerente (LASER) e câmaras de vídeo tipo CCD. O programa desenvolvido foi aplicado em situações de escoamento real e os resultados obtidos foram satisfatórios dentro da escala de velocidades inicialmente presumida.

Ambiente interno : a participação e o envolvimento das pessoas na busca do diferencial competitivo

Day after day, even small companies and multinationals brands need to compete in a worldwide market. All kind of global strategies have to involve production and regional market knowledge. Still being essential for company have a complete view of it market and it right position to gain competitive advantage. In a global market, get possible for the companies be in touch with last generation technologies and equipment's and all kind of research. Companies like that should develop products focused in customer's desire, even those extremely strict. Specifically in our country, as hard as we could think, the companies have access to credit lines, to the fiscal incentives offered by the states that alliance with the market potential are making possible the appearance of a lot companies and the growth of the companies already existent. However, these resources alone don't produce results to the company if it doesn't possess an internal organization able to assimilate the new market situation. The companies have to be able to apply the maximum resources offered by new technologies and understand how a communications facility means solution for many internal problems. In short terms, technology, financial resources, research and knowledge are available, however, the human resources might be prepared and developed in order to become the whole knowledge in profits. According 'JURAN' and his Total Quality Control philosophy the human resources playing fundamental role in the process, and in my opinion a company is something like a ship where all must be prepared to hold the rudder. I will develop a basic job looking for productivity and company's development through the people's involvement, focused in process of motivation, creativity and staff valorization. I believe that there no good production process without those requirements. Based on real case of a automotive parts and foundry company, located in Bento Gonçalves - RS, this work will look for to organize it mainly in its Industrial Division, adopting in participate administration where, through a information system and personnel involvement we will seek all favorable conditions to politics and strategies in get the growth of company.

Seleção para aumento da produção de gametas não reduzidos e poliploidização sexual em trevo vermelho (Trifolium pratense L.)

Trevo vermellho (Trifolium pratense L.), é uma leguminosa forrageira de excelente qualidade, mas não persistente no Rio Grande do Sul. Plantas com maior variabilidade genética podem tornar esta espécie mais estável e produtiva. Poliplóides sexuais ocorrem em populações naturais e apresentam uma ampla base genética. Os objetivos deste trabalho foram: no Experimento 1, obter plantas poliplóides sexuais através de cruzamentos unilaterais e verificar a fertilidade desta descendência. No Experimento 2, cruzamentos bilaterais visaram aumentar a produção de gametas não reduzidos (2n) em plantas diplóides em três ciclos de seleção. No Experimento 1, a geração parental foi composta por tetraplóides somáticos e plantas diplóides da cv. Quiñiqueli, selecionadas por produzirem de 1 até 9,07% de gametas 2n. Em quatro gerações, a presença de indivíduos férteis triplóides indicou que estes podem ser utilizados como uma ponte para a produção de plantas tetraplóides. No Experimento 2, no primeiro ciclo, foram selecionadas plantas das cultivares Quiñiqueli, Redland e Keenland, que produziram no mínimo 1% de pólen gigante. No segundo e terceiro ciclos, plantas com no mínimo 2% e 3% de produção de pólen 2n foram selecionadas, respectivamente. A porcentagem de produção aumentou de 1,67% na população original para 8,97% na última geração de plantas selecionadas. O ganho de seleção foi de 437,12%, com diferencial de seleção de 7,3%. Os dados comprovaram que os métodos de detecção de grãos de gametas 2n e de seleção são eficientes, tornando possível obter plantas poliplóides sexuais em etapas avançadas, a partir de populações selecionadas de trevo vermelho.

Fatores críticos para o sucesso no mercado de videogames domésticos: os casos Sony e Microsoft na batalha pelo domínio da sala de estar

O presente trabalho visa identificar os fatores percebidos como críticos para o sucesso na indústria de consoles domésticos de videogame, e novos fatores importantes que possam surgir para o sucesso desta indústria dinâmica e em constante evolução. Para esta análise, utiliza-se como base o referencial teórico de estratégia emergente, valor da inovação, gerenciamento e dinâmica da cadeia de valor, e economia da informação. Faz-se uma revisão histórica da indústria, a cada geração de consoles, e um descritivo do seu momento atual, seguido de um detalhamento dos participantes da indústria e o mapeamento da cadeia de valor para os consoles domésticos de videogames, baseado na literatura existente e nas entrevistas com especialistas de mercado. Foi feito um estudo de caso com os dois líderes atuais deste mercado, Sony e Microsoft, e suas respectivas gerações de consoles com uma analise comparativa de suas cadeias de valor. A análise dos casos busca mostrar por que estas empresas entraram neste mercado, como tentaram utilizar suas core competences para obter sucesso em um mercado de forte economia de rede, marcado pelo surgimento freqüente de tecnologias de ruptura e novos entrantes, alta velocidade evolutiva do setor provocada pelos movimentos freqüentes de poder entre os elos da cadeia, em geral ao redor do fabricante do console e dos publishers dos jogos. Com base nesta análise, foram determinados os fatores críticos de sucesso da indústria até o momento e identificar os fatores críticos adicionais que estão surgindo para a última geração de consoles iniciada ao final de 2005, cuja competição tornou-se relevante ao final de 2006.